常使畜禽粪水在综合利用的过程中产生许多问题，如废水产生量大、成分复杂、处理后污染物浓度仍很高、所用稀释水量多和受季节灌溉影响等。对于处理达标排放的来讲，工艺流程大致为固液分离-厌氧消化-好氧处理。但是，对于微利经营的养殖行业来讲，建设该类粪污处理设施所需的投资太大、运行费用过高。
1 畜禽养殖业污水处理固液分离
无论畜禽养殖场废水采用什么系统或综合措施进行处理，都须首先进行固液分离，这是一道工艺环节，其重要性及意义主要在于：首先，一般养殖场排放出来的废水中固体悬浮物含量很高，可达160000mg/l，相应的有机物含量也很高，通过固液分离可使液体部分的污染物负荷量大大降低；其次，通过固液分离可防止较大的固体物进入后续处理环节，防止设备的堵塞损坏等。此外，在厌氧消化处理前进行固液分离也能增加厌氧消化运转的可靠性，减小厌氧反应器的尺寸及所需的停留时间，降低设施投资并提高cod的去除效率。固液分离技术一般包括：筛滤、离心、过滤、浮除、沉降、沉淀、絮凝等工序。目前，我国已有成熟的固液分离技术和相应的设备，其设备类型主要有筛网式、卧式离心机、压滤机以及水力旋流器、旋转锥形筛和离心盘式分离机等。
2 畜禽养殖业污水处理厌氧处理
由于养殖业废水属于高有机物浓度、高n、p含量和高有害微生物数量的“三高”废水。因此厌氧技术成为畜禽养殖场粪污处理中不可缺少的关键技术。对于养殖场这种高浓度的有机废水，采用厌氧消化工艺可在较低的运行成本下有效地去除大量的可溶性有机物，cod去除率达85%～90%，而且能控制传染病菌，有利于养殖场的防疫。
目前用于处理养殖场粪污的厌氧工艺很多，其中较为常用的有以下几种：厌氧滤器（af）、上流式厌氧污泥床（uasb）、复合厌氧反应器（uasb＋af）、两段厌氧消化法和升流式污泥床反应器（usr）等。近年来，厌氧消化即沼气发酵技术已被广泛地应用于养殖场废物处理中是解决畜禽粪便污水的无害化和资源化问题的有效的技术方案。畜禽粪便和养殖场产生的废水是有价值的资源，经过厌氧消化处理既可以实现无害化，同时还可以回收沼气和有机肥料，因此建设沼气工程将是中小型养殖场粪便污水治理的选择。
3好氧生物处理
采取人工强化供氧以提高好氧微生物活力的废水处理方法。该方法主要有活性污泥法、生物滤池、生物转盘、生物接触氧化法、序批式活性污泥法（sbr）、厌氧/好氧（a/o）及氧化沟法等。

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